आरएनए शोधन किट का उपयोग इन विट्रो में स्थानांतरित किए गए आरएनए अणुओं को शुद्ध करने और पुनर्प्राप्त करने के लिए किया जाता है और विभिन्न सामग्रियों से निकाले गए कुल आरएनए, जो आरएनए नमूनों में प्रभावी रूप से दूषित अशुद्धियों को दूर कर सकते हैं। इस उत्पाद की पुनर्प्राप्ति दर 80%तक पहुंच सकती है, और प्राप्त आरएनए का OD260/OD280 अनुपात आम तौर पर लगभग 2.0 है, जिसका उपयोग सीधे संवेदनशील प्रयोगों (जैसे कि माइक्रोएरे विश्लेषण, प्रतिदीप्ति आरटी-पीसीआर, आदि) में किया जा सकता है। ट्रांसक्रिपटॉमिक्स के गहरे होने के साथ, आरएनए प्रकारों, अभिव्यक्ति विनियमन और कार्यों की जटिलता हमारी कल्पना से परे है।
राइबोसोमल आरएनए को हटाने जो 80% से अधिक के लिए खाता है, कम प्रचुर मात्रा में लेकिन जानकारीपूर्ण आरएनए पर अनुक्रमण पर ध्यान केंद्रित करने में मदद करता है। वर्तमान में, आरआरएनए को हटाने का मुख्य रूप से जांच और आरएनएएस एच के संयुक्त उपयोग के माध्यम से होता है। संसाधित आरएनए को कई पाचन उत्पादों, एंजाइमों और आयनों के साथ मिलाया जाएगा, जो आरएनए लाइब्रेरी के बाद के निर्माण के लिए अनुकूल नहीं है। एक उदाहरण के रूप में स्तंभ आरएनए शुद्धि किट लें। Trizol एक रेडी-टू-यूज़ अभिकर्मक है जिसका उपयोग ऊतकों और कोशिकाओं से कुल आरएनए को शुद्ध करने के लिए किया जा सकता है। यह फिनोल और गुआनिडीन आइसोथियोसाइनेट का एक एकल-चरण समाधान है जो आरएनए अखंडता को बनाए रखने के लिए आरएनएज़ को रोकता है, ऊतकों और कोशिकाओं के लसीका की सुविधा देता है।